В последние дни Второй мировой войны молодой пилот-камикадзе Коити Сикисима, не выполнив свой смертельный приказ, совершает вынужденную посадку на небольшом острове Одо, где располагается ремонтная база японской армии. Этот поступок, продиктованный инстинктом самосохранения, навсегда оставляет в его душе глубокий след стыда и невыполненного долга. Вечером того же дня на остров обрушивается ужас в лице неведомого чудовища – гигантского ящера, которого местные жители в панике называют Годзиллой. Существо, словно сама стихия разрушения, сметает всё на своём пути, оставляя после себя лишь смерть и пепел. Коити становится свидетелем этой первобытной мощи, и образ монстра навсегда врезается в его память, став олицетворением того слепого, всепоглощающего насилия, которое он только что пережил на войне. Вернувшись в Токио, он находит родной город в руинах, а свой дом – уничтоженным вместе с родителями. Опустошённый, он пытается начать жизнь с чистого листа, но прошлое не отпускает. Его одиночество и чувство вины находят неожиданное отражение в судьбе другой жертвы войны – молодой женщины по имени Норико, которая, потеряв свою семью, спасла во время бомбёжки чужого младенца. Они образуют хрупкий, молчаливый союз, пытаясь вместе построить подобие нормальной жизни среди послевоенных руин, где каждый день – это борьба за выживание. Годы спустя, когда раны начинают понемногу затягиваться, а Япония медленно восстаёт из пепла, Коити находит работу в опасной команде по разминированию Токийского залива, где со дна поднимают неразорвавшиеся боеприпасы. Эта деятельность становится для него своеобразным искуплением, тихой и опасной службой во имя жизни. Однако спокойствие оказывается обманчивым. Океан, хранящий в своих глубинах шрамы войны, пробуждает древнее зло. Годзилла, потревоженный американскими ядерными испытаниями на атолле Бикини, претерпевает чудовищную мутацию, вобрав в себя колоссальную радиоактивную энергию. Он превращается в поистине апокалиптическое создание, живое оружие массового поражения, плывущее к берегам Японии. Во время одной из рабочих смен хлипкое судно Коити оказывается на пути этого титана. Встреча с монстром, теперь многократно усиленным и излучающим смертоносное свечение, становится для героя столкновением с его самым глубоким кошмаром, материализовавшимся из прошлого. Это уже не просто огромный ящер – это ходячая катастрофа, воплощение новой, ещё более страшной угрозы, которая бросает вызов не только хрупкому миру в душе Коити, но и самому существованию возрождающейся нации. Его личная драма, борьба с призраками войны и чувством вины, оказывается неразрывно связана с судьбой всей страны, перед лицом которой встаёт тень нового, непостижимого уничтожения.